1940年11月，中共鲁西区党委建立昆山实验区工委，在昆山一带巩固发展抗日根据地。1941年1月，中共昆山县委、县政府成立，辖区包括原东平县七、八、九 区和原寿张县四、五区及阳谷县四区的一个乡。各区名称依旧为四、五、七、八、九 区。6月，昆山县抗日民主政府将辖区调整划分8个行政区:一区(轩堂一带)、二区(师集一带)、三区(商老庄一带)、四区(南郭楼一 带)、五区(后集一带)、六区(临湖集一带)、七区(田大店一带)、八区(杨堤口一带) 。 1944年10月，为加强对东平县城敌人的斗争，以大安山镇为中心建立九区。后撤销，所辖区域划归一、八区。1945年2月，中共二地委决定将郓北县九区(驻辛兴屯、岳核)划归昆山县，称昆山南九区。同年10月，又将南九区划回郓北县。1947年春，张秋县撤销，其二区(斑鸠店一带)划归昆山县，改称九区(银山)。
1949年8月，昆山县改称梁山县，时辖一区(轩堂一带)、二区(师集一带)、三区(商老庄一 带)、四区(南郭楼一带)、互区(后集一带)、六区(临湖集一带)、七区(田大店一带)、八区(杨堤口一带)。同时，郓北县撤销，其二区(小路口)全部、一 区(西杨营)的大部和第八区(黄集)半部划归改建后的梁山县。 10月，对行政区划调整，梁山县辖9个区:一区(戴庙)、二区(戚贾)、三区(小路口)、四区(西杨营)、五区(凤山)、六区(商老庄)、七区(田大店)、八区(大安山)、九区(银山)。 1952年7月，将九区(银山)划分，增设十区 (斑鸠店)。同期，南旺县的孔坊区划归梁山县，列称十一区(孔坊)。 1953年8月，南旺县撤销，其一、二、六、七区划归梁山县，依序组建为梁山县第十二区(拳铺)、第十三区(黄庄)、第十四区(孙庄)、第十五区(开河)。区下设乡，时全县辖15个区、166个乡、1086个自然村。
1955年9月，各区取销数码序列称谓，改以区驻地命名。其中，二区驻地由戚贾村迁往大路口村，改称大路口区；四区驻地由杨营村迁往黑虎庙村，改称黑虎庙区；十三区驻地由黄庄村迁往徐集村，改称徐集区。1956年3月，将斑鸠店区并入银山区，孔坊区并入拳铺区，大路口区并入戴庙区和商老庄区。同年，郓城县辛兴屯和倪楼乡的12个村庄划归梁山县。是年，原166个小乡合并为74个大乡。梁山县辖12个区74个乡。
1958年2月，撤区并乡，全县设城关镇和斑鸠店、银山、腊山、金山、大路口、小路口、寿张集、黑虎庙、杨营、馆里、辛兴屯、前集、拳铺、徐集、信楼、孙庄、开河、韩垓、戴庙、商老庄、宋庄、安山、馆驿、管庄、王府集25个乡。
同年8月，撤销乡镇。9月，全县建起7处人民公社：东风(驻银山)、火箭 (驻大路口)、八一 (驻黑虎庙)、水泊(驻芦里)、七一(驻后集)、红旗(驻黄庄)、卫星(驻中孙庄) 。 11月2日，全县7处人民公社组成一个联合体，称作梁山县人民公社，原公社改为管理区。1959年1月 20日，梁山县人民公社改为县联合人民公社，恢复原人民公社。
同年11月，公社名称改为以驻地命名，并将7处人民公社调整为银山、大路口、黑虎庙、芦里、城关、拳铺、徐集、开河、孙庄、小路口10处人民公社。1960 年3月，汶上县的东平、沙河站人民公社和须城、寅寺人民公社的一部分及平阴县的黄花园、东阿人民公社各一部分划归梁山县。同时，将梁山县开河人民公社和孙庄人民公社的部分村庄划给汶上县。1960年3月，所调公社及村庄复归原县。1963年5月，将大路口人民公社划分为大路口和寿张集人民公社。 1965年2月，增设戴庙、商老庄、大安山、小安山、馆驿5处人民公社。至此，梁山县辖城关、斑鸠店、银山、戴庙、商老庄、大安山、馆驿、小安山、寿张集、大路口、小路口、黑虎庙、芦里、拳铺、开河、徐集、孙庄17处人民公社。
1971年10月，开河、孙庄人民公社分别更名为韩垓、韩岗人民公社。1978年12月，增设王府集人民公社。1979年1月，建信楼、赵堌堆人民公社。1982年3 月，芦里人民公社更名为马营人民公社。同年12月，城关人民公社改称梁山镇。 1983年，全县共有19处人民公社和1个镇。
1984年2月，撤社改乡。全县改建为6个区， 5个镇，27个乡。即：梁山镇；城郊区，辖寿张集乡、馆里乡、马营乡、前集乡、后孙庄乡；银山区，辖银山镇、斑鸠店乡、豆山乡、昆山乡、司里乡、戴庙乡；小路口区，辖小路口镇、大路口乡、郓陈乡、赵堌堆乡、黑虎庙乡、杨营乡；徐集区，辖徐集镇、拳铺乡、方庙乡、信楼乡； 韩岗区，辖韩岗镇、韩垓乡、开河乡、袁口乡、王府集乡；小安山区，辖小安山乡、 馆驿乡、李官屯乡、大安山乡、商老庄乡。
1986年1月，将梁山县银山区及所辖斑鸠店乡、豆山乡、昆山乡、司里乡、戴庙乡(32个村庄)、银山镇和小安山区所辖的大安山乡、商老庄乡 (23个村庄)划归东平县。1987年2月，撤销区级建制，全县共辖24个乡镇。1990年，梁山县整建由菏泽地区划归济宁市管辖。1999年12月，杨营乡撤乡设镇，改称杨营镇。2000年5月，拳铺乡撤乡设镇，改称拳铺镇。同年12月，部分乡镇合并，全县由24个乡镇缩减为14个乡镇。
2007年3月，从杨营镇划出10个行政村，设立梁山经济开发区行政管辖区。2008年，从梁山镇划出18个行政村，设立梁山风景区行政管辖区。同时，将徐集镇整建制并入拳铺镇。2010年7月，撤销梁山镇,设立梁山街道。撤销梁山风景区行政管辖区，设立水泊街道。撤销寿张集乡、黑虎庙乡，分别建立寿张集镇，黑虎庙镇。2013年，马营乡撤乡建镇，改为马营镇。2020年4月，将经济开发区管辖的10个行政村划归杨营镇。至此，全县共辖10个镇、2个乡、2个街道、1 个省级经济开发区，即：拳铺镇、马营镇、杨营镇、黑虎庙镇、小路口镇、寿张集镇、小安山镇、馆驿镇、韩岗镇、韩垓镇、大路口乡、赵堌堆乡、梁山街道、水泊街道、梁山经济开发区。
